به منظور طراحي و اجراي مناسب اين المپياد، لازم است ساختار تعريف شده اي در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکي تعريف گردد و وظيفه برگزاري مناسب و مطلوب المپياد را برعهده گيرد.
شورای عالی: بالاترين مرجع برگزاري المپياد است كه وظيفه تدوين و تاييد سياستهاي كلي المپياد را برعهده دارد.
کميته علمي: بالاترين مرجع علمي المپياد است و متشکل از مشاورين علمي المپياد و هياتهاي طراحي سوال مي‌باشد. هر يك از حيطه هاي سه گانه المپياد يك هيات طراحي سوال دارد. از استادان برجسته دانشگاههاي علوم پزشكي كشور به عنوان مشاورين علمي المپياد استفاده خواهد شد. دبير علمي المپياد مسئول اين كميته است. پس از تعيين عناوين هر حيطه، طي نامه اي اين عناوين به همراه الگو و دستورالعمل طراحي سوالات به دانشگاهها ارسال و از استادان و صاحبنظران برجسته آن دانشگاه جهت طراحي سوالات مناسب در قالب طراحي شده دعوت مي‌گردد. مطابق با ميزان فعاليت اين استادان در هر حيطه براي طراحي سوالات، امتيازي از ماده هاي آيين نامه ارتقا لحاظ خواهد گرديد.
کميته فني: متشکل از کارشناسان آموزشي و دبير علمي و دبيران هياتهاي طرح سوال المپياد است و به منظور حفاظت و صيانت از روح علمي المپياد تشکيل مي‌گردد.
دبيرخانه المپياد: براي ايجاد هماهنگي و اجراي مصوبات شوراي عالي المپياد تشكيل مي‌گردد. محل دبيرخانه المپياد مركز خدمات آموزشي در وزارت متبوع مي‌باشد
کميته اجرايي المپياد: مستقر در يكي از دانشگاههاي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي كشور(دانشگاه مجري) است. دبيرخانه موظف است ضمن پيش بيني و تامين اعتبار مورد نياز، المپياد را به نحو احسن زير نظر كميته هاي علمي و فني اجرا كند.