مطالعات مختلف ثابت كرده‌اند كه تخصيص تسهيلات هم باعث تشويق افراد به ادامه مسير حرفه‌اي مي‌شود و هم مي‌تواند دانشجويان با سلائق و انگيزه‌هاي مختلف را براي مشارکت درفعاليتهاي علمي جذب نمايد. متناسب با حيطه‌هاي سه گانه اين المپياد پاداشها و تسهيلات زير تعريف شده است: 
1. استفاده از تسهيلات ادامه تحصيل در مقاطع بالاتر طبق آيين نامه هاي مربوط (بر اساس رشته‌هاي متناظر شرکت کنندگان)- نمونه جدول امتيازات دستياري پزشكي
2. عضويت در بنياد ملي نخبگان- بر اساس بند "د" ماده 4 آيين نامه احراز استعدادهاي برتر و نخبگي
3. استفاده از تسهيلات آيين نامه استعدادهاي درخشان براي نفرات اول حيطه ها
4. جوايز نقدي (سکه بهار آزادی به نفرات اول تا سوم انفرادی و اعضای تیمهای اول هر حیطه)

 5. تندیس و لوح تقدیر به امضای وزیرمحترم بهداشت یا معاون محترم آموزشی

 

موارد 4 و 5 پس از پیگیریهای جناب آقای دکتر حسن زاده و جناب آقای افتخاری به لسیت فوق اضافه شدند.